Những ngày đầu mới khôi phục sân bay Điện Biên chỉ hoạt động rất thưa thớt chỉ có khoảng từ 6 lần chuyến một tuần với khoảng trên 10 ngàn hành khách/năm. Năm 1998 nâng lên 10 lần chuyến một tuần  và năm 2022 hoạt động hàng không nâng lên đều đặn 8 lần chuyến bay thương mại một ngày với hai hãng hàng không là Công ty Bay dịch vụ Hàng không Việt Nam (Vasco) và Công ty Cổ phần hàng không Tre Việt (Bamboo). Tháng 12 năm 2023 Cảng hàng không Điện Biên hoạt động trở lại sau 8 tháng đóng cửa xây dựng mở rộng Cảng với tần suất 20 chuyến bay thương mại một tuần với hai hãng không là hãng hàng không Quốc gia Việt Nam (Vietnam Airlines) và hãng hàng không Vietjet Air.
 
Ngoài phục vụ thương mại Cảng hàng không Điện Biên còn phục vụ nhiệm vụ chính trị đảm bảo an ninh an toàn tuyệt đối cho các chuyến bay chuyên cơ, ưu tiên, chuyến bay quân sự của cán bộ Đảng, nhà nước và các khách ngoại giao lên thăm và làm việc tại tỉnh Điện Biên.
 
Chất lượng dịch vụ ngày càng nâng cao, trật tự an toàn trên địa bàn Cảng hàng không được đảm bảo. Sản lượng khai thác năm 2022: phục vụ 2.496 lần chuyến bay; vận chuyển 166.491 lượt hành khách.
 
Hiện nay, hãng hàng không Quốc gia Việt Nam (Vietnam Airlines) và hãng hàng không Vietjet Air đang tham gia khai thác đường bay Hà Nội - Điện Biên - Hà Nội với tần suất là Vietnam Airlines 14 lần chuyến/tuần và Vietjet Air là 6 chuyến/tuần.