Nhà ga hành khách được thiết kế để khai thác phục vụ hành khách trong nước và quốc tế và được thiết kế với mô hình nhà ga 02 cao trình đi và đến tách biệt. Hoạt động khai thác của nhà ga kết nối giữa giao thông từ khu vực công cộng phía trước nhà ga và khu vực hành lang đến các phòng chờ bay tạo luồng di chuyển hành khách một chiều có công suất cao.
Với mục tiêu tạo được dây chuyền mạch lạc rõ ràng nhằm tăng tối đa sự thoải mái và tiện lợi cho hành khách, hai khu vực chức năng của nhà ga được bố trí tách biệt nhau và ở về hai phía của mặt bằng nhà ga. Nhà ga quốc tế được bố trí ở nửa phía đông và nửa phía tây còn lại bố trí nhà ga trong nước.
- Tổng diện tích sàn sử dụng : 24.325 m2.
1. Tầng trệt:
Tầng trệt được bố trí phục vụ hành khách đến quốc tế và quốc nội. Sau thềm đến là đường dẫn vào sảnh chính lớn, giữa thềm ga đến bố trí cầu thang phục vụ cho hành khách và người đón tiễn đi lên khu vực sảnh đi tại lầu 1. Thềm nhà ga liên tục với sảnh đến phía trong bằng khu vực sân vườn cây xanh tạo cảm giác nhẹ nhàng, thoải mái cho hành khách khi vừa đến nhà ga. Bên trong sảnh chính, ga đến quốc tế được bố trí ở phía đông và ga đến trong nước được bố trí ở phía tây.
Khu vực xử lý phân loại hành lý đi quốc tế và trong nước được bố trí giữa tầng trệt nhà ga tiếp xúc với sân đậu máy bay thuận tiện cho vận chuyển hành lý ra máy bay, bên cạnh bố trí các phòng kỹ thuật và các khu vực phục vụ hoạt động của nhà ga.
Các khu vực chức năng phục vụ hành khách đến được bố trí hợp lý nhằm đảm bảo các yêu cầu khai thác, an ninh, an toàn: khu vực xếp hàng cho khách kiểm tra thủ tục nhập cảnh bố trí ngay sau cửa hành khách đến, sau khu vực này là khu vực băng chuyền hành lý. Tại đây, trong khi chờ lấy hành lý hành khách có thể mua sắm tại các quầy dịch vụ trước khi ra khu vực kiểm tra thủ tục hải quan. Khu vực hành lý thất lạc cũng được bố trí thuận tiện ngay sau băng chuyền hành lý đến để hành khách có thể liên hệ khi cần thiết. Sau khu vực kiểm tra hải quan, hành khách có thể gặp người thân và sử dụng các dịch vụ tại khu vực sảnh đến như đổi tiền, ăn uống, dịch vụ khách sạn, phương tiện đi lại, thông tin cần biết… trước khi rời sân bay.
Mặt bằng ga trong nước được bố trí tương tự như ga quốc tế, không có khu vực kiểm tra thủ tục nhập cảnh và thủ tục hải quan đến.
Trong giai đoạn đầu khai thác, khu vực chờ lấy hành lý quốc tế bố trí 01 băng chuyền và quốc nội bố trí 02 băng chuyền hành lý. Cảng hàng không Phú Quốc sẽ được trang bị thêm 01 băng chuyền hành lý quốc tế khi lượng hành khách thông qua tăng, đạt mức yêu cầu trang bị mới.
2. Lầu 1:
Nằm chung cao trình với đường tầng và thềm ga đi, tương tự như tầng trệt, tầng lầu được bố trí phục vụ hành khách đi quốc tế và quốc nội. Sau thềm đi là lối vào sảnh chính lớn, ga đi quốc tế được bố trí ở phía đông và ga đi trong nước được bố trí ở phía tây.
Khu vực quầy làm thủ tục hàng không được bố trí trực diện ngay sau khu vực sảnh đi, qua cửa kiểm tra an ninh hàng không tạo thuận tiện cho hành khách khi làm thủ tục. Hành lý ký gửi sẽ theo hệ thống băng chuyền xuống khu vực xử lý hành lý đi tại tầng trệt trước khi đưa ra máy bay.
Khu vực sảnh đi được bố trí ngay sau sảnh thủ tục (qua khu vực công an cửa khẩu đối với khách quốc tế), rộng rãi, tầm nhìn bao quát. Bố trí xen trong khu vực này là hệ thống dịch vụ phục vụ hành khách như gồm thức ăn nhanh, giải khát, cửa hàng miễn thuế (đối với khách quốc tế) và hàng lưu niệm…
Qua khu vực soi chiếu, kiểm tra hành lý xách tay, hành khách sẽ vào khu vực phòng đợi trước khi xuống phòng đợi ra máy bay bằng cầu thang cuốn và thang bộ. Phòng đợi cho hành khách được bố trí rộng rãi, tầm nhìn rộng ra phía sân đậu máy bay và toàn cảnh khu bay của Cảng hàng không. Phòng phục vụ khách thương gia được bố trí ở hai đầu nhà ga nơi có tầm nhìn rộng và thuận tiện cho giao thông ra máy bay, tạo sự thoải mái và tiện nghi cho khách CIP.
Trong giai đoạn 1 (thiết kế đến năm 2020 với công suất 2,65 triệu hành khách/năm) 8 vị trí đậu máy bay sẽ được đưa vào khai thác, trong đó có 1 vị trí cho máy bay cỡ lớn B777 hoặc tương đương, 4 vị trí đỗ cho máy bay cỡ A321/320, 4 vị trí đỗ cho máy bay cỡ nhỏ ATR72 và chưa trang bị ống lồng.
Quy mô nhà Ga hành khách chính:
- Nhà ga hành khách có 02 cao trình, đi và đến tách biệt, ga đến tại tầng trệt, ga đi tại tầng 1. Nhà ga quốc tế được bố trí ở nửa phía Đông, nhà ga nội địa được bố trí ở nửa phía Tây;
- Tổng diện tích sàn tầng 1 là 11.150m2; tổng diện tích sàn tầng trệt là 13.026m2;
- Ga quốc tế có diện tích: đi 5.433 m2, đến 6.097 m2;
- Ga nội địa có diện tích: đi 4.716 m2, đến 4.625 m2;
- Có 36 quầy làm thủ tục checkin cho hành khách (18 quốc tế, 18 nội địa)
- Giai đoạn đầu bố trí 10 máy soi chiếu an ninh (06 quốc tế, 04 nội địa)
- Có 03 băng chuyền hành lý đến (01 quốc tế, 02 nội địa).