Hiện nay, tại Cảng hàng không quốc tế Phú Quốc đang có các đường bay đi/đến do các hãng hàng không sau đây đang khai thác:
Hãng hàng không quốc gia Việt Nam - Vietnam Airlines (VNA):
- Đường bay TPHCM – Phú Quốc – TPHCM: mỗi ngày có 10 Lần chuyến.
- Đường bay Phú Quốc – Cần Thơ – Phú Quốc: mỗi ngày 2 Lần chuyến.
- Đường bay Phú Quốc – Rạch Giá – TPHCM: mỗi ngày 2 Lần chuyến.
- Đường bay TPHCM – Rạch Giá – Phú Quốc: mỗi ngày 2 Lần chuyến.
- Đường bay Hà Nội – Phú Quốc – Hà Nội: mỗi ngày có 4 Lần chuyến
- Đường bay Singapore – Phú Quốc – Singapore: mỗi tuần có 4 Lần chuyến
- Đường bay SiemRiep – Phú Quốc – SiemRiep: mỗi tuần có 6 Lần chuyến
Hãng hàng không VietJet Air:
- Đường bay Hà Nội – Phú Quốc – Hà Nội: mỗi ngày có 2 Lần chuyến.
- Đường bay TPHCM – Phú Quốc – TPHCM: mỗi ngày có 6 Lần chuyến.
Hãng hàng không Jetstar Pacific:
- Đường bay TPHCM – Phú Quốc – TPHCM: mỗi ngày có 6 Lần chuyến.
Hãng hàng không IKAR:
- Đường bay Nga – Phú Quốc – Cam Ranh: mỗi tuần có 4 Lần chuyến.
- Đường bay Cam Ranh – Phú Quốc – Nga: mỗi tuần có 4 Lần chuyến
Hãng hàng không Norwind:
- Đường bay Nga – Phú Quốc – Cam Ranh: mỗi tuần có 2 Lần chuyến.
- Đường bay Cam Ranh – Phú Quốc – Nga: mỗi tuần có 2 Lần chuyến